Fakultet zdravstvenih studija u Mostaru osnovan je u svibnju, a počeo s radom 2. listopada 2000. Uz ranije osnovanu Srednju medicinsku školu (1949 god.) i Medicinski fakultet (1997 god.) omogućeno je školovanje svih profila zdravstvenih radnika u Mostaru. U svibnju 2008. godine Visoka zdravstvena škola mijenja naziv u Fakultet zdravstvenih studija. Fakultet zdravstvenih studija je visoko obrazovna ustanova u sastavu Sveučilišta u Mostaru, koja ustrojava i izvodi sveučilišne dodiplomske i diplomske studije, obavlja stručni i znanstveni rad u znanstvenom području biomedicine, kliničke medicine i javnog zdravstva, te ustrojava i provodi izdavačku, bibliotečnu djelatnost za potrebe nastave znanstvenog i stručnog rada. Fakultetsko vijeće Fakulteta zdravstvenih studija i Senat Sveučilišta odobrio je pokretanje preddiplomskog sveučilišnog studija sanitarnog inženjerstva i specijalistički diplomski studij primaljstva u akademskoj 2011./2012. godini, te preddiplomskog sveučilišnog studija primaljstva, diplomskog sveučilišnog studija sanitarnog inženjerstva i poslijediplomskog doktorskog studija Zdravstvene znanosti u akademskoj 2014./2015. godini. Fakultet zdravstvenih studija izvodi sveučilišne preddiplomske studije za stjecanje zvanja: Sveučilišni preddiplomski studij (I ciklus)po Bolonjskom procesu:

• sveučilišni prvostupnik -ca (baccalaureus) medicinska sestra-tehničar (180 ECTS)
• sveučilišni prvostupnik-ca (baccalaureus) fizioterapeut (180 ECTS)
• sveučilišni prvostupnik-ca (baccalaureus) radiološke tehnologije (180 ECTS)
• sveučilišni prvostupnik-ca (baccalaureus) sanitarnog inženjerstva (180 ECTS)
• sveučilišni prvostupnik-ca (baccalaureus) primaljstva (180 ECTS)

Fakultetsko vijeće je donijelo odluku da se u akademskoj 2008/2009 godini osnuju magistarski (II stupanj) s 120 ECTS bodova.

Nastavni plan i program odobrilo je Fakultetsko vijeće i Senat Sveučilišta za sveučilišni diplomski studij – magistarski studij. Diplomski studiji (II ciklus):

• Klinička zdravstvena njega
• Klinička fizioterapija
• Radiološke tehnologije
• Sanitarno inženjerstvo

Poslijediplomski doktorski studij (III ciklus)

• Zdravstvene znanosti

Nastavni plan i program prilagođen je europskim standardima.