Današnji Fakultet zdravstvenih studija Sveučilišta u Mostaru osnovan je 2000. godine pod nazivom Visoka zdravstvena škola i to Odlukom Upravnog vijeća Sveučilišta u Mostaru o osnutku Visoke zdravstvene škole Sveučilišta u Mostaru.

Zbog izražene potrebe za višom razinom obrazovanja, 2008. godine tadašnje Vijeće Visoke zdravstvene škole Sveučilišta u Mostaru usvaja novi Statut i uz suglasnost Osnivača, Upravnog vijeća Sveučilišta u Mostaru, postaje Fakultetom zdravstvenih studija Sveučilišta u Mostaru.

Iste, 2008. godine, usvajaju se nastavni planovi i programi preddiplomskih sveučilišnih studija Sestrinstva, Fizioterapije i Radiološke tehnologije po bolonjskom programu (I. ciklus visokog obrazovanja, 3 godine/6 semestara, 180 ECTS bodova za stjecanje naziva prvostupnika uz naznaku struke s obzirom na konkretan studij).

Nastavni planovi i programi su urađeni na osnovu suvremenih saznanja o unapređenju obrazovanja zdravstvenih kadrova, a prema direktivama Europske zajednice i Münchenske deklaracije Svjetske zdravstvene organizacije. Nastavni planovi i programi usklađeni su sa Direktivama 2005/36/EZ Europskog Parlamenta i Vijeća Europe koje nalažu da studij mora imati nastavno opterećenje od 4.600 sati, od toga od ukupnog broja sati najmanje 30% predavanja i 50 % praktičnoga rada.

Godine 2008. usvojeni su i nastavni planovi i programi diplomskih sveučilišnih studija Kliničke zdravstvene njege, Kliničke fizioterapije i Radiološke tehnologije (II. ciklus visokog obrazovanja, 2 godine/4 semestra, 120 ECTS bodova za stjecanje akademskog naziva magistra uz naznaku struke s obzirom na konkretan studij).

Godine 2011. usvojen je nastavni plan i program preddiplomskog sveučilišnog studija Sanitarnog inženjerstva (I. ciklus visokog obrazovanja, 3 godine/6 semestara, 180 ECTS bodova za stjecanje naziva prvostupnik sanitarnog inženjerstva), koji se počinje izvoditi od akademske 2011./2012. godine.

Godine 2014. usvojen je nastavni plan i program preddiplomskog sveučilišnog studija Primaljstva (I. ciklus visokog obrazovanja, 3. godine/6 semestara, 180 ECTS bodova za stjecanje akademskog naziva prvostupnik primaljstva) i nastavni plan i program diplomskog sveučilišnog studija Sanitarnog inženjerstva (II. ciklus visokog obrazovanja, 2 godine/4 semestra, 120 ECTS, za stjecanje akademskog naziva magistar sanitarnog inženjerstva), koji su se počeli izvoditi od akademske 2014./2015. godine.

Godine 2014. usvojen je nastavni plan i program poslijediplomskog doktorskog studija „Zdravstvene znanosti“ (III. ciklus visokog obrazovanja, 3 godine/6 semestara, 180 ECTS bodova za stjecanje akademske titule doktor zdravstvenih znanosti), a izvođenje istog započelo je akademske 2015./2016. godine.

Godine 2022. usvojen je nastavni plan i program diplomskog sveučilišnog studija Primaljstva (II. ciklus visokog obrazovanja, 2 godine/4 semestra, 120 ECTS, za stjecanje naziva magistar primaljstva), a koji se izvodi od akademske 2022./2023. godine.

Godine 2009. Fakultet zdravstvenih studija Sveučilišta u Mostaru preseljava u novu zgradu, smještenu u krugu Sveučilišne kliničke bolnice Mostar i u neposrednoj blizini Medicinskog fakulteta Sveučilišta u Mostaru, a koja je u cijelosti financirana od strane Vlade Republike Hrvatske.

U 2018. godini Sveučilište u Mostaru usvaja novi Statut, kojim Fakultet zdravstvenih studija, zajedno sa ostalim fakultetima, postaje ustrojbena jedinica visokoškolske ustanove Sveučilišta u Mostaru, sa djelomično integriranim funkcijama, a sve u skladu s odredbama Okvirnog zakon o visokom obrazovanju u Bosni i Hercegovini i Zakona o visokom obrazovanju Hercegovačko-neretvanske županije.

Fakultet zdravstvenih studija Sveučilišta u Mostaru danas je ustrojbena jedinica u sastavu visokoškolske ustanove Sveučilišta u Mostar na kojoj se izvode studijski programi I. ciklusa visokog obrazovanja (preddiplomski sveučilišni studiji Sestrinstva, Fizioterapije, Radiološke tehnologije, Sanitarnog inženjerstva i Primaljstva), studijski programi II. ciklusa visokog obrazovanja (diplomski sveučilišni studiji Kliničke zdravstvene njege, Kliničke fizioterapije, Radiološke tehnologije, Sanitarnog inženjerstva i Primaljstva) i studijski program III. ciklusa visokog obrazovanja - poslijediplomski doktorski studij „Zdravstvene znanosti“.